In den einzelnen Bundesländern ist das Kirchensteuerrecht unterschiedlich geregelt. Art, Umfang und Höhe der Kirchensteuer sind in den staatlich anerkannten Kirchensteuerordnungen und Kirchensteuerbeschlüssen der einzelnen Religionsgesellschaften näher bezeichnet.
Die Erhebung der Kirchensteuer erfolgt in der Regel als Zuschlagsteuer zur Einkommen- bzw. Lohnsteuer. Die Kirchensteuer wird zusammen mit der Lohnsteuer erhoben, wenn der Arbeitnehmer einer kirchensteuererhebungsberechtigten Religionsgemeinschaft angehört. Die Kirchensteuersätze sind in den einzelnen Bundesländern unterschiedlich.
In konfessionsverschiedenen Ehen (die Ehegatten gehören unterschiedlichen Kirchen an) wird die Lohnkirchensteuer des Arbeitnehmers jeweils zur Hälfte den beiden Kirchen, denen die Ehegatten angehören zugeordnet. In den Bundesländern Bayern, Bremen und Niedersachsen gilt diese Halbteilungsregelung jedoch nicht.
In glaubensverschiedenen Ehen (nur einer der Ehegatten gehört einer steuererhebungsberechtigten Religionsgemeinschaft an) wird die Lohnkirchensteuer mit dem vollen Steuersatz beim kirchensteuerpflichtigen Arbeitnehmer erhoben. Ist aber nur für den Ehegatten, nicht jedoch für den Arbeitnehmer eine Kirchenzugehörigkeit bescheinigt, (z. B. - -/ev) wird keine Kirchensteuer erhoben. In diesen Fällen wird in der Regel im Rahmen der Einkommensteuerveranlagung ein sog. Besonderes Kirchgeld erhoben.
Die Kirchensteuerpflicht beginnt mit dem Kircheneintritt (ab Folgemonat) und endet mit dem Kirchenaustritt. Der Kirchenaustritt wird spätestens mit Ablauf des Monats wirksam, der auf den Monat erfolgt, in dem die Austrittserklärung abgegeben worden ist.
Die gezahlte Kirchensteuer kann vom Steuerpflichtigen andererseits als Sonderausgaben gem. § 10 Abs. 1 Nr. 4 EStG berücksichtigt werden. Freiwillige Zahlungen an eine Religionsgemeinschaft können nicht als Kirchensteuer, wohl aber als Spenden (§ 10b EStG) abziehbar sein. Kirchensteuer ist auch nicht abzugsfähig, soweit sie als Zuschlag auf die sog. Kapitalertragsteuer (Abgeltungsteuer) erhoben worden ist.