Die Lohnsteuer kann als "vorweggenommene" Einkommensteuer angesehen werden. Der Arbeitgeber ist verpflichtet, von jeder Zuwendung an den Arbeitnehmer jeweils die Lohnsteuer einzubehalten und an das Finanzamt abzuführen (§ 39b EStG). Dies gilt unabhängig davon, ob der Arbeitnehmer später tatsächlich zur Einkommensteuer veranlagt wird oder nicht. Schuldner der Lohnsteuer ist der Arbeitnehmer. Der Arbeitgeber hat die Lohnsteuer für Rechnung des Arbeitnehmers bei jeder Lohnzahlung vom Arbeitslohn einzubehalten (§ 38 EStG).
Für die Einbehaltung der Lohnsteuer vom laufenden Arbeitslohn hat der Arbeitgeber die Höhe des laufenden Arbeitslohns und den Lohnzahlungszeitraum festzustellen. Vom Arbeitslohn sind gegebenenfalls der auf den Lohnzahlungszeitraum entfallende Anteil des Versorgungs-Freibetrags und des Altersentlastungsbetrags abzuziehen. Außerdem ist der Arbeitslohn ggf. noch um einen Freibetrag zu vermindern. Der ermittelte Arbeitslohn ist auf einen Jahresarbeitslohn hochzurechnen. Der hochgerechnete Jahresarbeitslohn, vermindert noch um z. B. den Arbeitnehmer-Pauschbetrag, den Sonderausgaben-Pauschbetrag oder die Vorsorgepauschale, ergibt den zu versteuernden Jahresbetrag. Darauf ist die sich nach dem Tarif ergebende Lohnsteuer zu erheben.
Der Lohnsteuerabzug setzt den Zufluss von Arbeitslohn voraus. Hat der Arbeitgeber eine mit dem Arbeitnehmer getroffene Lohnverwendungsabrede erfüllt, ist der Arbeitslohn gleichwohl zugeflossen. Das Finanzamt hat ggf. vom Arbeitgeber zu wenig erhobene Lohnsteuer vom Arbeitnehmer nachzufordern.