Der Arbeitgeber ist für den ordnungsgemäßen Einbehalt der Lohnsteuer verantwortlich. Die grundsätzlichen Regelungen zur Anmeldung und Abführung der Lohnsteuer finden sich in § 41a EStG. Der Arbeitgeber hat spätestens am zehnten Tag nach Ablauf eines jeden Lohnsteuer-Anmeldungszeitraums dem Betriebsstättenfinanzamt eine Steuererklärung einzureichen, in der er die Summe der im Lohnsteuer-Anmeldungszeitraum einzubehaltenden und zu übernehmenden Lohnsteuer angibt (Lohnsteueranmeldung). Darüber hinaus hat er die im Lohnsteueranmeldungszeitraum insgesamt einbehaltene und übernommene Lohnsteuer an das Betriebsstättenfinanzamt abzuführen.
Der Arbeitgeber wird von der Verpflichtung zur Abgabe weiterer Lohnsteueranmeldungen befreit, wenn er den Arbeitnehmer, für den er Lohnsteuer einzubehalten oder zu übernehmen hat, nicht mehr beschäftigt und er dies dem Finanzamt mitgeteilt hat. Dies gilt auch, wenn der Arbeitgeber lediglich geringfügig Beschäftigte eingestellt hat, für die er die pauschale Lohnsteuer in Höhe von 2 % abführt.
Der Lohnsteuer-Anmeldungszeitraum ist grundsätzlich der Kalendermonat. Abweichend hiervon ist der Lohnsteueranmeldungszeitraum das Kalendervierteljahr, wenn die abzuführende Lohnsteuer für das vorangegangene Kalenderjahr mehr als 1.080 EUR, aber nicht mehr als 5.000 EUR betragen hat. Sofern die abzuführende Lohnsteuer für das vorangegangene Kalenderjahr nicht mehr als 1.080 EUR betragen hat, ist der Lohnsteueranmeldungszeitraum das Kalenderjahr.
Hat die Betriebsstätte nicht während des ganzen vorangegangenen Kalenderjahrs bestanden, so ist die für das vorangegangene Kalenderjahr abzuführende Lohnsteuer für die Feststellung des Lohnsteueranmeldungszeitraums auf einen Jahresbetrag umzurechnen. Wenn die Betriebsstätte im vorangegangenen Kalenderjahr noch nicht bestanden hat, ist die auf einen Jahresbetrag umgerechnete für den vollen Kalendermonat nach der Eröffnung der Betriebsstätte abzuführende Lohnsteuer maßgebend.
Die Lohnsteueranmeldung ist nach amtlich vorgeschriebenem Vordruck auf elektronischem Weg nach Maßgabe der Steuerdaten-Übermittlungsverordnung zu übermitteln. Auf Antrag kann das Finanzamt zur Vermeidung von unbilligen Härten auf eine elektronische Übermittlung verzichten. In diesem Fall ist die Lohnsteuer-Anmeldung vom Arbeitgeber oder von einer zu seiner Vertretung berechtigten Person zu unterschreiben.
Eine Abgabeschonfrist besteht nicht, so dass das Finanzamt bei verspäteter Abgabe der Anmeldung einen Verspätungszuschlag erheben kann. Die Zahlungsschonfrist gem. § 240 Abs. 3 Satz 1 AO gilt für drei Tage. Danach können Säumniszuschläge erhoben werden.