Der Arbeitgeber muss die Lohnsteuer, die er im Laufe eines Kalendermonats vom Bruttoarbeitslohn einbehalten hat oder die pauschaliert erhoben wurde, bis zum 10. nach Ablauf des Anmeldungszeitraums an das Betriebsstättenfinanzamt abführen. Gleichzeitig muss er dem Finanzamt eine Lohnsteueranmeldung übermitteln, in der die einbehaltene Lohnsteuer ausgewiesen wurde (§ 41a Abs. 1 Satz 1 EStG).
Der Arbeitgeber ist verpflichtet, die Lohnsteueranmeldung dem Finanzamt auf elektronischem Weg zu übermitteln (§ 41a Abs. 1 Satz 2 EStG). Die Finanzverwaltung hat die Software "ELSTER – ELektronische STeuerERklärung" bzw. "Mein Elster" entwickelt.
Verfügt ein Arbeitgeber nicht über die technischen Voraussetzungen (z. B. PC mit Internetanschluss), kann er einen Antrag auf Inanspruchnahme einer Härtefallregelung stellen und die Lohnsteueranmeldung weiter in Papierform dem Finanzamt übersenden oder zufaxen. In beiden Fällen muss die Lohnsteueranmeldung vom Arbeitgeber/Bevollmächtigten unterschrieben werden.
Falls im Vorjahr nur eine Lohnsteuer bis zu 1.080 EUR abzuführen war, genügt für das Folgejahr eine einmalige jährliche Lohnsteueranmeldung. Diese ist bis zum 10.1. des Folgejahres einzureichen. Beträgt die abzuführende Lohnsteuer für das Vorjahr mehr als 1.080 EUR und bis zu 5.000 EUR, genügen vierteljährliche Lohnsteueranmeldungen zum 10.4., 10.7. und 10.10. des laufenden Jahres sowie zum 10.1. des Folgejahres (§ 41a Abs. 2 Satz 2 EStG).
Ist der letzte Tag der Frist ein Samstag, Sonntag oder ein gesetzlicher Feiertag, so verlängert sich die Frist auf den nächsten Werktag (§ 108 Abs. 3 AO). Die Abgabe eines Schecks gilt bereits als Zahlung. Die zinsgünstigste Zahlung ist die Einzugsermächtigung. Selbst wenn das Finanzamt verspätet abbucht, gilt dies als pünktliche Zahlung. Die übliche Zahlungsschonfrist von drei Tagen gilt nicht für Scheck- und Barzahlungen. Wird die Lohnsteuer also per Scheck gezahlt, gilt für alle zum 10. Januar fälligen Zahlungen – also z. B. für die Lohnsteuer für Dezember, das IV. Quartal und die Jahresanmeldung –, dass der Scheck spätestens am 10.1. des Folgejahres beim Finanzamt eingegangen sein muss.
Versäumt der Arbeitgeber die Anmelde- und Zahlungsfrist, muss er mit Verspätungszuschlägen und Säumniszuschlägen rechnen. Das Finanzamt kann im Übrigen eine Schätzung der Lohnsteuer vornehmen oder ein Zwangsgeld androhen. Die Lohnsteueranmeldung gilt unter dem Vorbehalt der Nachprüfung. Das bedeutet, dass bis zum Eintritt der Verjährung jederzeit eine Berichtigung möglich ist (§ 150 Abs. 1 Satz 2 AO, § 168 Satz 1 AO). Für die Lohnsteuer beträgt die Verjährungsfrist (Festsetzungsfrist) vier Jahre. Sie beginnt mit Ablauf des Jahres, in dem die Lohnsteueranmeldung abgegeben wird.