Der Arbeitgeber muss wissen, wann die auf den Arbeitslohn entfallende Lohnsteuer entsteht, um die Lohnsteuer ordnungsgemäß einbehalten und abführen zu können. Nach § 38 Abs. 2 Satz 2 EStG entsteht die Lohnsteuer mit dem Zufluss des Arbeitslohns beim Arbeitnehmer. Dieser Zeitpunkt ist für die Berechnung der Verjährungsfrist und für die Anmeldung von Forderungen des Finanzamts in die Konkurstabelle maßgebend. Außerdem ist dieser Zeitpunkt dafür von Bedeutung, in welcher Fassung die Steuervorschriften anzuwenden (z. B. Gesetzesänderung) und welche Besteuerungsmerkmale auf der Lohnsteuerbescheinigung zu berücksichtigen sind.
Auch die pauschale Lohnsteuer (§§ 40 - 40b EStG) entsteht in dem Zeitpunkt, in dem der Arbeitslohn dem Arbeitnehmer zufließt.