Auch im Fall der Lohnsteuerpauschalierung nach den §§ 40 ff. EStG ist vom Unternehmen grundsätzlich Kirchensteuer zu erheben. Bemessungsgrundlage für die Kirchensteuer ist die pauschale Lohnsteuer. Ein Verzicht auf die Erhebung der Kirchensteuer ist möglich, wenn der Betrieb nachweist, dass die betroffenen Mitarbeitenden ganz oder zum Teil keiner hebeberechtigten Kirche angehören.
Der Nachweis wird z. B. durch die Vorlage einer Bescheinigung des Mitarbeitenden, nach der er keiner hebeberechtigten Kirchenkörperschaft angehört, geführt. Diese Bescheinigung ist zwingend nach amtlichem Muster vorzunehmen.
Der Steuersatz für die pauschale Kirchen-Lohnsteuer ist in den einzelnen Bundesländern unterschiedlich. Er beträgt zwischen 4 % und 7 %. Die Kürzung gegenüber dem normalen Kirchensteuersätzen (9 %/8 %) trägt dem Umstand Rechnung, dass möglicherweise nur ein Teil der Mitarbeitenden einer Kirche angehören. Die so ermittelte pauschale Kirchensteuer wird nach regional unterschiedlichen festen Schlüsseln vom Finanzamt aufgeteilt.
Bei einer geringfügigen Beschäftigung (bis 538 EUR) wird eine einheitliche Pauschsteuer von 2 % erhoben. Hierin ist bereits eine pauschalierte Kirchensteuer enthalten (§ 40a Abs. 2 EStG). Hat der einzelne Mitarbeitende mehrere geringfügige Beschäftigungen, die insgesamt die Summe von 520 EUR überschreiten, kann der einzelne Betrieb pauschale Lohnsteuer von 20 % erheben (§ 40a Abs. 2a EStG). Hierauf fällt dann zusätzlich der Steuersatz bei Pauschalierung an.