Der Arbeitgeber hat am Ort der Betriebsstätte für jeden Arbeitnehmer und jedes Kalenderjahr ein sogenannte Lohnkonto zu führen (§ 41 Abs. 1 EStG). In das Lohnkonto sind die für den Lohnsteuerabzug und die Lohnsteuerzerlegung erforderlichen Merkmale zu übernehmen. Bei jeder Lohnzahlung sind die Art und die Höhe des gezahlten Arbeitslohns einschließlich der steuerfreien Bezüge sowie die einbehaltene oder übernommene Lohnsteuer einzutragen.
Einzelheiten zum Inhalt des Lohnkontos regelt § 4 LStDV. Einzutragen sind z. B. Name, Wohnort, Jahresfreibetrag sowie die für die Berechnung des Versorgungsfreibetrags erforderlichen Angaben. Zu weiteren Einzelheiten siehe R 41.1 bis R 41.3 LStR.
Ein Sammellohnkonto, das für mehrere Arbeitnehmer gemeinsam geführt wird, ist nur zulässig, wenn eine Lohnsteuerpauschalierung für folgende Fälle erfolgt:
Das Sammellohnkonto muss den Tag der Zahlung, die Zahl der beteiligten Arbeitnehmer, die Summe der insgesamt gezahlten Bezüge, die Höhe der Lohn- und Kirchensteuer, eventuell den Solidaritätszuschlag sowie Hinweise auf die als Belege zum Sammelkonto aufzubewahrenden Unterlagen enthalten.
Alle Lohnkonten sind beim Ausscheiden von Arbeitnehmern, jedoch spätestens am Ende jedes Kalenderjahres aufzurechnen. Die Aufbewahrungsfrist beträgt sechs Kalenderjahre nach Ablauf des Jahres der letzten Eintragung.