Die Finanzverwaltung überwacht die ordnungsgemäße Einbehaltung und Abführung der Lohnsteuer durch die Lohnsteueraußenprüfung. Zuständig für die Durchführung einer Lohnsteuer-Außenprüfung ist das Betriebsstättenfinanzamt. Der Lohnsteueraußenprüfer ist lediglich Beauftragter des Finanzamtes. Er entscheidet also nicht selbst über den Steueranspruch und ist nicht befugt, verbindliche Zusagen zu erteilen. Der Arbeitgeber hat ein Antragsrecht, dass die Finanzverwaltung und die Rentenversicherung gemeinsam die Außenprüfung durchführen.
Jede Lohnsteuer-Außenprüfung und jede Erweiterung oder Änderung des Umfangs der Prüfung erfordert eine grundsätzlich schriftlich zu erteilende förmliche Prüfungsanordnung. Die Bekanntgabe der Anordnung muss eine angemessene Zeit vor Beginn der Prüfung (spätestens 14 Tage vor Prüfungsbeginn) erfolgen. In dieser Prüfungsanordnung muss der Umfang der Prüfung genau beschrieben werden. Die Anordnung legt genau fest, in welchem Bereich die Prüfung stattfinden soll und in welchem Bereich deswegen Rechtswirkungen der Außenprüfung eintreten können. Gegen die Prüfungsanordnung kann der Rechtsbehelf des Einspruchs erhoben werden.
Die Lohnsteuer-Außenprüfung umfasst nur die Vorgänge, die dem Bereich des Lohnsteuerabzugs unterliegen. Für die Feststellungen dienen neben den Lohnsteuerabzugsmerkmalen in erster Linie die Lohnkonten mit den dazugehörenden Belegen. Aber auch Konten der allgemeinen Buchführung sowie die damit zusammenhängenden Belege können zur Prüfung herangezogen werden. Hier dürften hauptsächlich die Reise- und Bewirtungskosten (wegen der Überprüfung der Berechtigung des steuerfreien Ersatzes) sowie Provisionen (wegen der Frage, ob es sich um Arbeitslohn handelt) in Betracht kommen.
Bei Betrieben mit weniger als 100 Arbeitnehmern ist der Prüfungszeitraum grundsätzlich auf die Lohnzahlungszeiträume des laufenden Kalenderjahres und die zurückliegenden drei Kalenderjahre zu beschränken. Haben Betriebe mehr als 99 Arbeitnehmer, schließt die Prüfung grundsätzlich an den letzten Prüfzeitraum an (Anschlussprüfung). Will das Finanzamt nachträglich einen längeren Zeitraum prüfen, ist hierfür eine weitere Prüfungsanordnung erforderlich.
Der Prüfer hat die tatsächlichen und rechtlichen Verhältnisse, die für die Verpflichtung des Arbeitgebers zum Steuerabzug, für den Umfang des Arbeitslohns und für die Bemessung der Lohnsteuer usw. maßgebend sind (Besteuerungsgrundlagen) zugunsten von Arbeitgeber und Arbeitnehmer zu prüfen (Prüfungsumfang). Der Steuerpflichtige muss dem Prüfer geeignete Räumlichkeiten zur Verfügung stellen. Gegebenenfalls können die Unterlagen im Finanzamt vorgelegt werden. Seit 2018 muss der Arbeitgeber die lohnsteuerrelevanten Daten über eine amtlich vorgeschriebene digitale Schnittstelle elektronisch bereitstellen.
Mitwirkungspflichtig sind neben dem Steuerpflichtigen sein Vertreter (Steuerberater) sowie die Personen, die vom Steuerpflichtigen zur Erfüllung der Mitwirkungspflichten benannt wurden (z. B. Buchhalter, Leiter der Steuerabteilung).
Ergeben sich aufgrund der Lohnsteuer-Außenprüfung Änderungen der Besteuerungsgrundlagen, ist nach Abschluss der Außenprüfung grundsätzlich eine Schlussbesprechung abzuhalten.
Über das Ergebnis der Prüfung wird dem Steuerpflichtigen regelmäßig ein Prüfungsbericht übersandt. Der Prüfungsbericht stellt lediglich die Grundlage für die Entscheidung des Finanzamtes dar. Rechtliche Bindungswirkung erhalten die Ergebnisse der Lohnsteuer-Außenprüfung erst durch die Auswertung des Betriebsprüfungsberichts in den erlassenen Nachforderungs- oder Haftungsbescheiden. Rechtsmittel können erst gegen diese Bescheide wirkungsvoll eingelegt werden.